SMP IT Bakti Insani memiliki program unggulan yang menunjang pengembangan diri serta prestasi peserta didik. Program unggulan ini dirancang sekolah untuk menstimulus dan mengembangkan potensi peserta didik. Program unggulan tersebut antara lain:
- TAHFIDZHUL QUR’AN dengan target: wustho (juz 30), i’dady (juz 29 dan 30), takhasus (3 juz atau lebih)
- TASMI’ AKBAR
- BINA PRIBADI ISLAMI (BPI)
- SANTRI MASUK DESA (SMD)
- E-LEARNING (asesment uji kompetensi dengan Ge School)
- KEMAH AKBAR
- PENGEMBANGAN RISET
- OLIMPIADE
